我国海关特殊监管区曾有保税区、出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、出口监管仓库、进口保税仓库、保税物流中心（A）型、保税物流中心（Ｂ）型、珠海跨境工业园区、霍尔果斯边境合作区等共计10余种。
    2008年王岐山副总理听取海关盛光祖署长就海关特殊监管区整合工作专题报告指出：海关特殊监管区功能、政策、监管方式无统一模式，成为阻碍各类海关特殊监管区发展的主要问题，因此必须加快海关特殊监管区功能整合工作，将现有海关特殊监管区整合为统一的海关特殊监管区域确有必要，而且时机也基本成熟。经我们与上级部门对接，海关特殊监管区整合目标是全部要整合为综合保税区或保税港区，目前暂时保留四种申报种类，以政府为申报主体的出口加工区、综合保税区、保税港区和以企业为申报主体的保税物流中心（B型）。
    一、保税港区与综合保税区
    保税港区是指经国务院批准，设立在国家对外开放的口岸港区和与之相连的特定区域内，具有口岸、物流、加工等功能的海关特殊监管区域。综合保税区是指经国务院批准设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策。它和保税港区一样，是我国目前开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域。它整合原来保税区、保税物流园区、出口加工区等多种外向型功能区后，成为更为开放的一种形态，也更符合国际惯例。
    保税港区和综合保税区可以开展的业务：（1）存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物；（2）国际转口贸易；（3）国际采购、分销和配送；（4）国际中转；（5）检测和售后服务维修；（6）商品展示；（7）研发、加工、制造；（8）港口作业；（9）经海关批准的其他业务。
    二、出口加工区
    指一个国家或地区为利用外资、发展出口导向工业、扩大对外贸易而设立的以制造、加工或装配出口商品为主的特殊区域。
    出口加工区可以开展下列业务：（1）存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物；（2）国际采购、分销和配送；（3）检测和售后服务维修；（4）研发、加工、制造。
    三、保税物流中心（B型）
    保税物流中心（B型）（以下简称物流中心）是指经海关批准,由中国境内一家企业法人经营，多家企业进入并从事保税仓储物流业务的海关集中监管场所。
    （一）经海关批准可存入物流中心的货物：（1）国内出口货物；（2）转口货物和国际中转货物；（3）外商暂存货物；（4）加工贸易进出口货物；（5）供应国际航行船舶和航空器的物料、维修用零部件；（6）供维修外国产品所进口寄售的零配件；（7）未办结海关手续的一般贸易进口货物；（8）经海关批准的其他未办结海关手续的货物。
    （二）设立物流中心应当具备的条件：（1）物流中心仓储面积,东部地区不低于10万平方米，中西部地区不低于5万平方米；（2）符合海关对物流中心的监管规划建设要求；（3）选址在靠近海港、空港、陆路交通枢纽及内陆国际物流需求量较大，交通便利，设有海关机构且便于海关集中监管的地方；（4）经省级人民政府确认，符合地方经济发展总体布局，满足加工贸易发展对保税物流的需求；（5）建立符合海关监管要求的计算机管理系统，提供海关查阅数据的终端设备，并按照海关规定的认证方式和数据标准，通过“电子口岸”平台与海关联网，以便海关在统一平台上与国税、外汇管理等部门实现数据交换及信息共享；（6）设置符合海关监管要求的安全隔离设施、视频监控系统等监管、办公设施。
    （三）中心内企业可以开展的业务：（1）保税存储进出口货物及其他未办结海关手续货物；（2）对所存货物开展流通性简单加工和增值服务；（3）全球采购和国际分拨、配送；（4）转口贸易和国际中转；（5）经海关批准的其他国际物流业务。
    （四）中心内企业不得在物流中心内开展的业务：（1）商业零售；（2）生产和加工制造；（3）维修、翻新和拆解；（4）存储国家禁止进出口货物，以及危害公共安全、公共卫生或者健康、公共道德或者秩序的国家限制进出口货物；（5）法律、行政法规明确规定不能享受保税政策的货物；（6）其他与物流中心无关的业务。
    （五）申报设立的材料及审批程序： 申请设立物流中心的企业应当向直属海关提出书面申请，并递交以下加盖企业印章的材料：（1）申请书；（2）省级人民政府意见书（附可行性研究报告）；（3）企业章程复印件；（4）企业法人营业执照复印件；（5）法定代表人的身份证明复印件；（6）税务登记证复印件；（7）会计师事务所出具的验资报告等资信证明文件；（8）物流中心所用土地使用权的合法证明及地理位置图、平面规划图。同时，物流中心内只能设立仓库、堆场和海关监管工作区。不得建立商业性消费设施。设立物流中心的申请由直属海关受理，报海关总署审批。